數碼精靈所居住的世界 - 『數碼世界』，是人類網路研究員所創造出來的假想空間，存在於人類的電腦網路當中。數碼世界是由一個具有人工智能的伺服器 - 「世界樹」所管理。每個數碼精靈都擁有獨特的人工智能，類似生命體，以『適者生存』的概念存活著。為了生存，數碼精靈必須令自己變得更強，因此需要經歷不同的進化、改變自己的外貌和性格，從而變得更強！跟人類世界一樣，數碼世界也存在善、惡，為了保護雙個世界免遭各種邪惡力量影響，大門大、托瑪、淑乃出發前往數碼世界展開冒險！在一連串的旅程當中，他們與自己的拍檔數碼精靈，藉著彼此之間的友誼，一次次克服重重難關，為了雙個世界的和平而戰！